Gli enti delle confessioni religiose che non hanno intese con lo Stato sono disciplinati dalla la legge 1159 del 1929 e dal rispettivo regio decreto di attuazione 289 del 1930.

L’articolo 2 prevede che gli enti di culto di tali confessioni possano ottenere il riconoscimento della personalità giuridica con Decreto del Presidente della Repubblica, su proposta del Ministro dell’Interno, uditi il Consiglio di Stato e il Consiglio dei Ministri.

L’ente della confessione religiosa, ai sensi dell’articolo 10 del regio decreto 289/1930, deve presentare la domanda all’ufficio di culto presso la prefettura ove ha sede l’ente, corredata del testo dallo statuto da cui risultino lo scopo, gli organi dell’amministrazione, le norme di funzionamento di esso, i mezzi finanziari dei quali dispone per il raggiungimento dei propri fini. Il legittimo rappresentante dell’ente deve inoltre essere residente in Italia.

Gli articoli 13, 14 e 15 del regio decreto prevedono norme circa la vigilanza su tali enti: sono soggetti alla vigilanza dell’autorità governativa, la quale può procedere a visite ed ispezioni e, quando siano accertate gravi irregolarità nell’amministrazione di tali istituti ovvero quando l’amministrazione non sia in grado di funzionare, il Ministro dell’Interno può sciogliere l’amministrazione medesima e nominare un commissario governativo per la temporanea gestione. Il Ministro dell’Interno, udito il Consiglio di Stato, con decreto può dichiarare la nullità di atti o deliberazioni di tali enti, quando contengano violazioni di leggi o di regolamenti.

Ai fini tributari, gli enti di culto non godono delle particolari agevolazioni previste per gli enti religiosi civilmente riconosciuti sulla base di Intese, ma godono delle agevolazioni previste per gli enti non commerciali, di cui al D.lgs. 460/1997.